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工程技术学院前身为东北林学院森林工业系，始建于1952年，是学校成立最早的院（系）之一。1999年正式更名为工程技术学院。现拥有林业工程（一级学科）、森林工程（二级学科）国家重点学科，林业工程博士后流动站，森林工程博士点，森林工程和管理科学与工程2个硕士点，林业工程和工业工程2个专业学位硕士点，森林工程、工业工程、包装工程、国际工程管理和物流工程5个本科专业。形成了博士后、博士、硕士、本科多层次人才培养格局，并接收培养外国留学生。拥有森林持续经营与环境微生物工程黑龙江省重点实验室。